Da die Arbeiten entlang der stark befahrenen Strecke Luzern – Zug – Zürich und Zug – Arth-Goldau – Gotthard stattgefunden haben, musste etappiert gebaut werden. Teilweise gab es auch Nachtarbeiten, um den Interregio- und Regionalzugsverkehr auf dieser Strecke nicht zu unterbrechen.
Während die Umbauten an den bestehenden Bahnhöfen nach Abschluss der Bauarbeiten laufend in Betrieb genommen und genutzt werden konnten, wurden die neun neuen Haltestellen alle erst im Dezember 2004 - zusammen mit dem neuen Rollmaterial für die Stadtbahn Zug - in Betrieb gesetzt.